百迈客农学讲堂

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聚类热图  生物学重复的质控

可以直观展现我们重点基因的热图,

www.biocloud.net

按行归一化  

按行、列聚类

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项目名称:归类比如text11

文件输入:直接选择云平台上的文件;点击上传本地文件;将文件拖到此处(云文件)

左侧会出现自己上传的文件内容

制定作图列:2-5意思是选择了样本文件里面2-5列数据作为参考

指定基因:挑选部分基因和上个参数一样

配色方案:

对数值:表达量低可以自己选择

归一化:按行归一化对基因归一化消除基因表达量差异

聚类方案:对样本和基因聚类分别是列和行聚类

样本顺序不变,按行聚类

行列显示:行基因名称过大图不美观

样本字号:图美观

提交1min得结果

 

韦恩图绘制

输入文件:样本1、样本2、添加样本、最多6个最少两个,输入文件三种方式,按文件第一列基因ID进行绘制图,文件过大不能全部上传。样本名可以修改。文件格式是txt格式

点击绘图得到结果

GO分类富集

项目名称:归类

Anno:GO和KEGG的功能注释信息总表

GO.list、GOTree.stat、KEGG.ko、KEGG.pathway

Gene.id:必须包含在总表内,普通文本格式

GO top li:选择多少行进行绘制。筛选其中重要的部分,p值筛选差异显著性高的,前20填20

 

 

 

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热图可以看出质量以及差异

项目名称的目的及时进行归类

文件输入的三种方式:点击选择云文件 

                                 点击上传(本地文件)

                                  文件拖到上传文件处

第一行是样本名称

制定作图列:作图的列

配色方案     可以选择

对数取值:为了当表达量特别大时,需要让表达量进行统一缩小化,所以就对表达量进行统一对数只

归一化: 主要是对基因进行归一化,所以按行归一化

聚类方式:为了不打乱样本排列,一般按行聚类

行列显示:

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