统一基因
统一基因
聚类热图 生物学重复的质控
可以直观展现我们重点基因的热图,
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按行归一化
按行、列聚类
项目名称:归类比如text11
文件输入:直接选择云平台上的文件;点击上传本地文件;将文件拖到此处(云文件)
左侧会出现自己上传的文件内容
制定作图列:2-5意思是选择了样本文件里面2-5列数据作为参考
指定基因:挑选部分基因和上个参数一样
配色方案:
对数值:表达量低可以自己选择
归一化:按行归一化对基因归一化消除基因表达量差异
聚类方案:对样本和基因聚类分别是列和行聚类
样本顺序不变,按行聚类
行列显示:行基因名称过大图不美观
样本字号:图美观
提交1min得结果
韦恩图绘制
输入文件:样本1、样本2、添加样本、最多6个最少两个,输入文件三种方式,按文件第一列基因ID进行绘制图,文件过大不能全部上传。样本名可以修改。文件格式是txt格式
点击绘图得到结果
GO分类富集
项目名称:归类
Anno:GO和KEGG的功能注释信息总表
GO.list、GOTree.stat、KEGG.ko、KEGG.pathway
Gene.id:必须包含在总表内,普通文本格式
GO top li:选择多少行进行绘制。筛选其中重要的部分,p值筛选差异显著性高的,前20填20
热图可以看出质量以及差异
项目名称的目的及时进行归类
文件输入的三种方式:点击选择云文件
点击上传(本地文件)
文件拖到上传文件处
第一行是样本名称
制定作图列:作图的列
配色方案 可以选择
对数取值:为了当表达量特别大时,需要让表达量进行统一缩小化,所以就对表达量进行统一对数只
归一化: 主要是对基因进行归一化,所以按行归一化
聚类方式:为了不打乱样本排列,一般按行聚类
行列显示:
百迈克云分析小工具