相关性 0.8以上
差异表达基因分析
共表达模式聚类分析
fpmk
相关性 0.8以上
差异表达基因分析
共表达模式聚类分析
fpmk
一、同一处理的若干个重复需要做相关性分析:工具——相关性分析——输入基因表达量矩阵文件txt(全基因)——输入样本名称为矩阵文件里的样本名称——r的范围为-1~1(只适用于线性变化);r2的范围在0~1(适用于非线性变化,推荐使用)——分析结果分为表格和热图(重复间相关性系数在0.9以上认为重复效果很好,低于0.8的样本重复需要剔除)
二、差异基因分析:工具——差异表达基因分析——输入counts文件(count值:reads比对到基因组的数量)——输入样本名称(前面的默认为对照,对照与实验用空格隔开,差异分析只能两两比对,使用多组两两比对实现多组比对)——输入分组配制文件(txt)——筛选差异基因参数:FDR值严格且准确——差异分析软件:推荐使用DESeq(2)-edgeR(用于有生物学重复的差异分析)——FPKM值——基因注释文件