微生物系列课程

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chao1 and Ace指数简单地反映出群落中物种的数量,而不表示群落中每个物种的丰度信息。Shannon and Simpon指数用于衡量群落多样性,受样品群落中物种丰度和物种均匀度(community evenness)的影响,chao1 and Ace指数用于衡量群落丰度。相同物种丰度的情况下,群落中各物种具有越大的均匀度,则认为群落具有越大的多样习性;chao1、 Ace、Shannon指数值越大,Simpon指数值越小,说明样品的物种多样性越高。

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物种丰度聚类热图

颜色-丰度高低

 

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横坐标代表按照丰度排序的序号,纵坐标代表OTU的相对丰度

意义:(1)代表样品里面物种的丰富度,曲线末端对应横坐标值越高,该样品中OTU的数量越多,说明里面的物种越多。纵坐标越高,值越大,说明该样品中物种的丰富度越高

(2)曲线的平缓代表样品中物种均匀性高,陡峭代表样品中物种均匀性不好

 

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