SNP:单核苷酸多态性,SNP主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在,平均每500~1000个碱基对中就有1个,估计其总数可达300万个甚至更多
PCA分析:PCA的目标是用一组较少的不相关变量代替大量相关变量,同时尽可能保留初始变量的信息,这些推导所得的变量称为主成分,它们是观测变量的线性组合
SNP:单核苷酸多态性,SNP主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在,平均每500~1000个碱基对中就有1个,估计其总数可达300万个甚至更多
PCA分析:PCA的目标是用一组较少的不相关变量代替大量相关变量,同时尽可能保留初始变量的信息,这些推导所得的变量称为主成分,它们是观测变量的线性组合
COG分类COG是原核生物加简单的单细胞真核生物(比如酵母),KOG是真核生物的总蛋白分类。 这些都是指全基因组测序得到的。
KOG 分类图
KEGG富集图 可以把显著的pathway进行富集,有助于找到实验条件下显著性变化的生物学调控通路。
GO分类图GO是Gene ontology的缩写,GO数据库分别从功能、参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行标准化描述,即对基因产物进行注释,通过GO富集分析可以了解差异基因富集在哪些生物学功能、途径或者细胞定位,是高通量测序数据解读中比较常用的一种数据分析方法。
GO富集图
FDR
FC
所有差异基因k-means图,共差异基因的聚类热图,all DEG的GO聚类饼图,
项目-选择-差异基因挖掘-
我的项目-选择项目-所有基因挖掘-表达基因韦恩图
基于ID的基因挖掘——我的项目——有参项目——基因ID ——
所有基因挖掘——全部数据可——检索——