GWAS培训课程

默认教学计划
203人加入学习
(0人评价)
价格 ¥500.00
教学计划

亲缘关系计算方法:系谱法

标记基因型欧式算法

计算软件:SPAGeDi

一次接受量2000到4000

 

 

[展开全文]

群体结构来源: 地理隔离/人工选择

群体结构分析 1.系统发生数

进化树上色与调整软件: http://itol.embl.de

NJ树:(mega) 适用于样本间差异不大的样品;种间

ML树(RAxML):纲水平

贝叶斯树(ExaBayes):

2. model-base 的群体结构分析/STRUCTURE/ADMIXTURE(标记要根据LD进行过滤,去冗余)

 分析原理:将大群体分成K个服从Hardy-Weinberger 平衡的亚群,将个材料归到每个亚群,计算第i个材料其基因组变异源于第K个亚群的可能性,用Q值表示,Q越大,表示该材料来自这个亚群的可能性越大。

STRUCTURE/贝叶斯/德尔塔K/最高点

ADMIXTURE/更快,C ross-V alidation error最低的点位最优点

Q矩阵/群体结构矩阵,作为固定效应/

CLUMPP/clumpak合并多次Q矩阵综合结果

pophelper/群体结构条形图

PCA分析/uncorrelated/Var(PC1)>Var(PC2)

 

[展开全文]