GWAS项目方案设计

r^  VS D'(不适合小样本)

• haplotype Block。单体型块，即连锁不平衡区域，指同一条染色体上处于连锁不平衡状态的一段连续的区域。单体型块分析可以用于筛选tag SNP（精简标记量）,确定候选基因的范围等。

群体类型： 种质资源材料／遗传变异丰富，可以同时对多个性状进行分析，群体结构复杂，稀有变异多，遗传信息丢失明显

                人工群体／包括F2，半同胞家系，动物远交群体，遗传变异不够丰富

表型调查

数量性状，多基因控制，要符合正态分布，或者用多年多点的数据分开分析后综合结果或取BLUP值（综合考虑环境对性状的影响）作为性状值进行关联分析；

质量性状，单基因控制，可转换成0，1表示；每个群体选取近似的样本。

分级性状，受多基因控制，表型分布类似质量形状，例如抗性性状，需要提供每一个个体精确的测量数据；

多指标性状。多个指标同时度量并找出主成分因子。

标记开发类型

NGS：SNP/small indel/CNV/SV

填补方法：依赖reference panel(impute2)／不依赖 (knn,fill genoty)

测序深度： 比较纯的自交系：5*

                有较多杂合位点的材料： 10*以上

                简化基因组测序推荐每个Tag 10*以上                

遗传进化+选择性清除+GWAS？？？？？

1.  重测序？

2. 连锁不平衡？

-   LD ？

3. 群体规模300以上

4. 

GWAS群体要求300以上

4、标记开发与分型

实验室常用标记（SSR等）

SNP