系统发育分析—群体遗传进化生物信息课程

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课程介绍

本课程为系列课程,

1. 遗传进化方案设计与群体选择。内容包括简要介绍利用生物大分子进行遗传进化研究的优势及分子标记发展史。详细介绍遗传进化三个研究领域即系统发育,环境适应和起源驯化的方案设计,研究方法等。

2. 系统发育分析—原理、模型选择以及软件讲解。内容包括系统发育树基本概念介绍,有根树,无根树介绍,构建进化树步骤,距离法构树法,最大似然法构树法,贝叶斯法构树法原理介绍。

3. 替代模型选择以及软件操作。内容包括正确选择核苷酸替换模型的重要性,核苷酸替代模型的种类介绍,及如何利用Jmodeltest软件选择构建进化树的核苷酸替换模型。

4. 距离法构建系统发育树。内容包括linux和windows环境下如何利用距离法构建系统发育树的操作及参数讲解。

5. 最大似然法构建系统发育树(原理以及实操)。内容包括phyml软件安装,数据输入格式讲解,进化树外群设定讲解,phyml主要参数讲解,linux命令行操作,linux交互式操作,分析结果讲解及windows环境下phyml操作简介。

6. 贝叶斯法构建系统发育树(原理以及实操)。内容包括结合实操的Mrbayes软件安装,简单快速分析,Mrbayes重要参数,输出结果及结果评判标准讲解。

7. 系统发育树美化。距离法、最大似然法、贝叶斯法等方法构建的系统发育树大都是newick、nexus等格式的文本文件,想要达到文章发表的水平需要一些操作处理。本课程内容包括演示利用Figtree,itol进行系统发育树的美化操作。