代谢组概述:
1、代谢组学
系统生物学:在于研究细胞信号传导和基因调控网络、生物系统组成之间相互关系的结构和系统功能的涌现。
四类:A,小样本转录组数据分析+伸入基因功能研究(分子实验);B,转录组数据分析+其他组学数据(蛋白组或代谢组);C,大样本转录组数据伸入分析+基础功能验证;D,大样本转录组+非编码RNA数据深入挖掘+基础功能验证。
代谢组是生物体表型的基础和直接体现者,是基因组和表型组的桥梁。
代谢物:分子量小于1000的小分子物质。
代谢组学:是系统生物学组成的一部分。其对生物体内所以小分子代谢物进行定性定量分析,并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的研究方式,其研究对象大都是分子量1000以内的小分子物质。
2、发展历程
小分子代谢物质的整体变化规律:表征生物过程。
检测方式:气质联用(GC-MS)、液质联用(LC-MS)、测序仪。
检测平台:液质联用仪、气质联用仪、核磁共振仪。分辨率、灵敏度、动态范围有区别。
3、研究现状
2018年,4000多篇。IF约4分。
期刊:Cell Metabolism,Nature communications,Scientific Reports,PLOS ONE,FOOD CHEM,Frontiers in Science.5分左右。
多组学联用:高分文章
4、应用方向
数据处理法法,临床上的应用,中药药理。
医学(临床标志物发掘、疾病研究)、农学、发酵、药学(药物代谢、药效评估、中草药活性成分研究)、环境、育种。
高分文章方案设计:初级(标准分析+个性化:对某类代谢物、某个通路的深入挖掘);中级(标准分析+个性化+创新:立意新颖、深入挖掘、简单组学联合);高级(多组学联合分析:基因组+转录组+蛋白组/代谢组,多组学数据网络)
代谢组的挑战:没有任何一个分析几乎能够同时分析代谢组中的所有会务,只能通过选择性地提取结合各种分析技术的并行分析来解决;代谢组分析产生海量数据,当前我们缺乏适当的代谢组数据库和数据交换版式,需要完善代谢组学数据库,建立代谢产物数据的标准,并且需要开发功能强大的数据分析工具。
(1)对未知物的鉴定,(2)多平台数据整合,(3)研发出克供查询的标准数据库,如GenBank的基因组资源,(4)代谢组学与其他组学数据的结合。