代谢组学技术原理和方案设计：
代谢物的结构种类繁多、理化性质差异巨大、含量极微且动态范围极宽（7~9数量级）、时空分布的差异明显、相互作用方式复杂。
色谱技术-物质分离：GC（流动相为惰性气体，主要是利用物质的沸点、极性及吸附性质的差异来实现混合物的分离）；LC（流动相为液体，利用物质在两相中分配系数的差异进行分离，类似于萃取过程）。
质谱技术-物质鉴定：测量例子质鹤比（质量-电荷比），原理是样品在资源中发生电离，参茶不同荷质比的带电离子，经加速电场的作用，形成离子束，进入质量分析器。
样品引入（气体扩散、气相色谱、液相色谱）→离子源（电子轰击EI、激光MALDI、电喷雾EDI）→质量分析器（飞行时间TOF、四级杆滤质分析器QMF、离子阱、离子迥旋共振分析器ICR）→检测器（电子倍增管及其阵列、离子计数器、感应电荷检测器、法拉第收集器）→图谱。
色质联用：包括气质联用和液质联用，互为补充，分析不同性质的化合物，混合物的定性和定量分析。
平台比较：（1）核磁共振NMR：无创检测，样本需求量小，但动态范围有限，灵敏度较低；（2）液质联用LC-MS：灵敏度、分标率高，检测动态范围较宽；（3）气质联用GC-MS：数据库较全，但检测物质范围有限。
研究技术：（1）非靶向代谢组学（简单）：同时检测数百乃至数千种代谢物，包括已知和未知代谢物，但敏敏度较之八项代谢组减低1-2个数量级，定性定量准确性也相对较差；优点，通量高、检测信号多、操作简单。（2）靶向代谢组学（复杂，需预实验）：只能对少数一直代谢物进行定性和定量检测，但其具有灵敏度高、定量准确的特点；优点，定性准、绝对定量。
高通量靶标：多个标准品的预实验已有成熟体系，一次性检测样品中多个代谢物的靶点代谢组。
技术特点(相当于）：非靶向代谢组——高通量测序；靶向代谢组——RT-PCR；高通量靶标代谢组——基因芯片。
方案设计：设置出对照组、实验组即可。（1）简单方案：对照组和处理组整体变化，大项目往往采用，每组可设几百个重复，数据更有说服力，能发更高分文章。（2）经典方案：可设置对照组，两个不同处理组，可以差异比较三次。（3）高阶方案：设置三组，每组设置不同程度处理，对比次数多，土豪方案。
生物学重复，不建议混样：（1）植物和微生物：6~8个；（2）模式动物：8~12个；（3）临床标本：30~100个。越多越好。
多组学联合分析：（1）基因组+转录组：静态，相对稳定；（2）蛋白质组+代谢组：动态，实时变化。蛋白代谢是生物体表型的基础和直接体现者，是基因组与表型组的桥梁；（3）代谢组+转录组；（4）代谢组+重测序（GWAS）；（5）代谢组+微生物多样性。
代谢组流程：样本收集（微生物、细胞体液、植物，淬灭、液氮，生物学重复），代谢物提取（溶剂提取法、固相萃取），代谢物检测（LC-MS、GC-MS、毛细管电泳质谱CE-MS、电感耦合离子体质谱ICP-MS、超临界流体质谱SFC-MS、核磁共振、液相色谱串联核磁共振），数据分析（主成分分析、偏最小二乘法、正交信号过滤法、神经网络法、支持向量机，代谢物鉴定）
代谢物相对定量：积分校正图。
数据分析流程：质控结果数据→数据评估（PCA、样品聚类、相关性分析，对象为所有样品）→数据分组→差异分析（差异倍数、OPLSDA模型计算，若无生物学重复，则无法进行OPLSDA计算）→差异代谢物→功能分析（功能注释、富集分析）。QC样本：监控整个检测过程中的稳定性。
