PC0A分析主成分分析降维,降噪差异不大去掉,去冗余
贡献率高,主成分可以反映原始信息
距离算法 独立otu,系统发生树
加权和丰度,非加权只看物种。
PC0A分析主成分分析降维,降噪差异不大去掉,去冗余
贡献率高,主成分可以反映原始信息
距离算法 独立otu,系统发生树
加权和丰度,非加权只看物种。
RDA/CCA分析,夹角角度“锐角正相关,钝角负相关;点点距离:距离越近,相似性越大
1. PCA:多维数据转为二维坐标,去冗余和降噪
2. PCoA:
3. NMDS:点之间距离表示差异大小,stress值反映分析可靠性,<0.01分析结果极为可靠的;
4. UPGMA:枝长越短,差异越小;
Beta多样性分析
主成分分析:
共线率越高,越能反应原始信息,图中不同颜色反应不同样品
7.19 第2课 Beta多样性分析