CAZy碳水化合物活性酶

TCDB膜转运蛋白数据库

PHI病原宿主互作数据库

P450单氧化酶CYPS

基因家族分析：聚类分析得到物种共有家族和特有家族，以及单拷贝直系同源基因

进化树：推断物种形成时间以及物种与其他物种之间进化关系。

基因家族扩张收缩，因为某类基因扩张导致相关功能强化或对特定生存环境适应性加强。cafe方法。

选择压力分析 ks同义突变率，氨基酸不变

ks非同义突变率，密码子改变氨基酸改变

中间的10244，核心基因所在的共有家族，还有分化出的单拷贝直系同源基因家族 ，利用分化出的单拷贝直系同源基因做出系统进化树，这是一种通过单拷贝直系同源基因，进行共线性比对，做基因家族聚类做出的系统进化树 

扩张，就是最后的拷贝出的基因家族的增加或减少，+代表扩张，-代表减少。

碱基的变化导致编码的氨基酸变化/没变化，即为非同义替换/同义替换

基因组水平共线性--后种方法

基因水平共线性---选前种方法