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联合分析策略

一、纯生信角度

1、对显著位点进行LD block分析，确定候选区间的范围

2、对候选区间的基因进行功能注释

3、显著位点是否在编码区，是否引起氨基酸的改变

4、同源分析结合其他的同源基因猜测候选基因功能

二、多方法角度

1、联合遗传进化分析或者遗传群体验证（考验材料）

2、RT-PCR验证

3、个体转录组或者蛋白质组验证

一、结果解读

1、曼哈顿图（y轴是p值，x轴是位点）

（1）簇状峰（好的结果，由于连锁不平衡）

2、分位图（y是观测值，x是期望值）

3、多重校正p值设定（Bonferroni校正，FDR检验）

4、

一、GWAS模型

1、速度快的：GenABEL、GEMMA、MLM、EMMA、P3D/EMMAX（介绍）、FaST-LMM（介绍）

2、能力最强：CMLM、ECMLM、Select、SUPER、MLMM

3、最新的软件：blink、FarmCPU

二、选择考虑因素

质量形状还是数量形状（不同的检验方式）

三、主要数学模型

y=SNP+Q+Kinship+e

（Q是群体结构效应）

一、常用命令-文件移动

• cp -r或是cp -R  将一个目录及目录内所有的文件复制到另一个目录

  cp file path
  cp file1 file2
  cp file1 path/file2
  

  解释第一行代码：cp命令是在要编辑的目录下使用的。比如我要复制A目录下的ZXXC.txt文件到B目录下。那么我就在B目录下编辑代码$cp A/ZXXC.txt 

• mv移动文件

  mv path1/file path2/file mv file1 file2

  例1：把Linux目录下text.txt文件拷贝到家目录下。代码在家目录下编辑$cp linux/text.txt .最后的点表示在当前文件下运行代码

• 举例2：复制粘贴文件并重命名。代码：$cp ./test.txt ./test1.txt

• 举例3：把linux文件下的bm.txt文件移动到当前目录下。代码：$mv linux/bmk.txt .   。说明：mv表示剪切，linux表示要移动的文件所在目录，bmk.txt表示要移动的文件，最后的空格+点 表示在当前目录下运行代码。

• mv的逻辑是：目标文件的目录/目标文件 当前目录

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群体大小影响结果

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