九、微生物多样性数据上传：

1. 注册NCBI账号；

2. submit：原始测序数据，SRA(Sequence read archive）数据库，数据释放时间，项目名称和描述，*必填

3. 云平台上传，我的数据，fq文件。

八、微生物多样性结题报告：

1. cutomer_backup包括全部的分析结果，src和index.html是网页版结题报告，index.html打开；

2. 内容：概括，背景-细菌16s和真菌ITS

3. 每个OTU代表一个物种，

物种聚类热图-物种和样品聚类，

物种系统进化树-环形图是物种进化树，相同颜色代表相同门

beta多样性：在微生物多样性分析中，由于环境中的微生物复杂多样，各环境间物种的组成差异更为
剧烈，所以通常采用非加权方法进行分析。但如果要研究对照与实验处理组之间的关系采用非加权
分析比较不出明显差异，则更推荐加权分析方式。

NMDS：建议不分组时，样本数量不少于10个；多组样本时，每组样本数量不少于5个。

相关性：物种之间，点大小表示丰度，线粗细表示相关性，关键物种，物种稳定性。

七、物种聚类热图：

1. 结题报告-物种分类学-物种丰度热图，分析类型，分类水平，聚类分析选择-物种或样品，计算算法选择-距离算法（比较样地和样品的距离）和聚类算法（根据样地的距离的相似性进行聚类）；

2. 物种丰度相对比例表，热图修改，配色方案和图标题。

六、PCA、PCoA、NMDS分析：

1. 结题报告-Beta多样性分析-PCA或PCoA，分析类型-样品间和组间，分类水平，提交；

2. 物种丰度相对比例表，PCA图，点之间距离反映差异大小，主标题-标号？

2. PCoA和NMDS：参数设置与PCA相似，只是多了一个距离算法选择，

五 RDA/CCA：

1.  结题报告-相关性和关联分析，分析类型-样品间、组间，环境因子，环境因子-手动或上传，分类水平；

2. 物种丰度相对比例表，RDA图-蓝色环境因子，红色物种，点样品，修改图片，是否显示物种名称。

四. 物种分布柱状图：

1. 项目-报告-物种分类学，分析类型-样品间和组间，分类水平，丰度最高或比例；

2.  丰度相对比例表，柱状图；

3. 分析结果保存后，出现在分析记录里面

三. OTU的Venn图：

物种分类学分析，<5样品是venn图，>=5样品是花瓣图，图片下载、列表下载或一键下载，比如共有OTU情况，分析结果保存。

二. 微云数据上传：2种方法

1. 我的数据-个人数据，创建目录，上传文件小于1000M，原始数据，不是压缩数据；

2. FTP：大于1000M，邮件，FTP账号、密码，FTP客户端下载，ftp_upload文件夹.

一.. 微生物多样性分析平台微云操作步骤：

1. 综合选项：微生物多样性分析平台，项目名称、描述，未拼接双端数据（文件格式为fastq格式，双端测序数据文件名通常为XXX_1.fq、XXX_2.fq,文件两两配对缺一不可），已拼接单端数据（单端测序数据通常是以.fq 或 .fastq结尾）

2. 原始数据导入：文件夹（micr-diversity），文件. 填写引物数据，默认百迈克引物（normal），样品命名；

3. 样品数据合并：

4. 扩增子类型：分子标记类型-细菌16s, 真菌ITS；可变区，RDA/CCA分析，环境因子

5. 样品分组信息：分组类型-时间，地点，具体分组，最多只有2种分组类型。

6. 参数确认：确认提交。

返回主界面，查看我的项目，模拟项目-极速体验项目。

4.扩增子类型

分子标记类型

细菌--16s

真菌--ITS

完整的分析过程，结题报告下载就行

绘制VENTU

个性化分析，绘制VENN图

样品间分析，样品选择（5个以及5个以内），5个以上是花瓣图

分析，

微生物多样性分析平台，

项目命名

项目描述（）

导入数据（文件夹，或者单个样品）

引物填写，（逗号分隔）

样品命名

数据合并的选择

添加合并组

默认不原则参与合并样品

进行数据类型的选择（环境因子）

分组（依据分组，只能有两种分组方式）

确认参数，提交

总览，我的项目，进行标准分析

4.3.3物种丰度聚类热图

4.4 Alpha多样性分析

物种累积曲线：测序样本量与检测到的物种的数量的关系

4.5 Beta多样性分析：比较不同样品在物种多样性方面存在的相似程度

4.5.1 PCA分析

4.5.4UPGMA

Beta多样性箱型图

OTU代表每一个物种

各等级OTU,

7:52

丰富度：群落中物种组成的种类

曲线越平坦物种组成的均匀度越高：群落中各物种丰度的差别（eveness平摊均匀）

物种累积曲线：测序样本量与检测到物种数量之间的关系

横坐标：抽取样本量的增加

红色：总共物种的数量：上升代表群落中不断有新物种被发现

趋于平缓：物种不会随着样本量的增加而增加

绿色：抽取样本中共有的物种的数量，在一定范围内若加大样本量，若曲线下降反应样本中新发现的物种逐渐减少，利用物种累积曲线可判断样本量是否充足，若曲线急剧上升则表示样本量不足，需要增加样本量，若样本量足够曲线

绿色：共有物种

Beta多样性分析，不同样本在物种多样性方面存在的相似程度，利用四种算法计算样本间的距离，而获得样本间的一个值

不同OTU之间的距离具有远近之分的。

数据处理交叠代表共有

未经过拼接得数据类型选择双端，已拼接得单端。

结题报告：

index.html网页版结题报告

下机数据：双端测序的reads，拼接完成为tags

数据处理：PEreads拼接→Tags过滤→去除嵌合体→有效数据（有效tag/原始）

Tags→OTU聚类

物种注释与分类学分析

qiime软件系统进化树？

面积代表在该分支处样品的序列多少

等级丰度曲线

β多样性通常用非加权

pcoa环境因子之间的夹角为锐角说明两因子之间为正相关，反之

β多样性箱线图，纵坐标为组内样品的差异性，箱越扁，说明组内差异越小

组间差异显著性分析：

lefes

metastates分析：一般认为p值小于0.05说明有显著性差异

kegg代谢途径

cog功能预测

相关性分析：物种之间的相关性，可以找到环境中的关键物种，对我们研究环境中物种的稳定性有

物种丰度热图：

距离算法：比较样品间的距离

聚类算法：根据样品间的距离，对他们间的相似性进行聚类。

PCA/PCOA/NMDS分析：