八、微生物多样性结题报告：

1. cutomer_backup包括全部的分析结果，src和index.html是网页版结题报告，index.html打开；

2. 内容：概括，背景-细菌16s和真菌ITS

3. 每个OTU代表一个物种，

物种聚类热图-物种和样品聚类，

物种系统进化树-环形图是物种进化树，相同颜色代表相同门

beta多样性：在微生物多样性分析中，由于环境中的微生物复杂多样，各环境间物种的组成差异更为
剧烈，所以通常采用非加权方法进行分析。但如果要研究对照与实验处理组之间的关系采用非加权
分析比较不出明显差异，则更推荐加权分析方式。

NMDS：建议不分组时，样本数量不少于10个；多组样本时，每组样本数量不少于5个。

相关性：物种之间，点大小表示丰度，线粗细表示相关性，关键物种，物种稳定性。

4.3.3物种丰度聚类热图

4.4 Alpha多样性分析

物种累积曲线：测序样本量与检测到的物种的数量的关系

4.5 Beta多样性分析：比较不同样品在物种多样性方面存在的相似程度

4.5.1 PCA分析

4.5.4UPGMA

Beta多样性箱型图

OTU代表每一个物种

各等级OTU,

7:52

丰富度：群落中物种组成的种类

曲线越平坦物种组成的均匀度越高：群落中各物种丰度的差别（eveness平摊均匀）

物种累积曲线：测序样本量与检测到物种数量之间的关系

横坐标：抽取样本量的增加

红色：总共物种的数量：上升代表群落中不断有新物种被发现

趋于平缓：物种不会随着样本量的增加而增加

绿色：抽取样本中共有的物种的数量，在一定范围内若加大样本量，若曲线下降反应样本中新发现的物种逐渐减少，利用物种累积曲线可判断样本量是否充足，若曲线急剧上升则表示样本量不足，需要增加样本量，若样本量足够曲线

绿色：共有物种

Beta多样性分析，不同样本在物种多样性方面存在的相似程度，利用四种算法计算样本间的距离，而获得样本间的一个值

不同OTU之间的距离具有远近之分的。

数据处理交叠代表共有

结题报告：

index.html网页版结题报告

下机数据：双端测序的reads，拼接完成为tags

数据处理：PEreads拼接→Tags过滤→去除嵌合体→有效数据（有效tag/原始）

Tags→OTU聚类

物种注释与分类学分析

qiime软件系统进化树？

面积代表在该分支处样品的序列多少

等级丰度曲线

β多样性通常用非加权

pcoa环境因子之间的夹角为锐角说明两因子之间为正相关，反之

β多样性箱线图，纵坐标为组内样品的差异性，箱越扁，说明组内差异越小

组间差异显著性分析：

lefes

metastates分析：一般认为p值小于0.05说明有显著性差异

kegg代谢途径

cog功能预测

相关性分析：物种之间的相关性，可以找到环境中的关键物种，对我们研究环境中物种的稳定性有