本课程包括两部分，第一部分从测序技术出发，讲解重测序技术与SLAF技术的基本原理，并介绍了比对，以及变异检测的方法，还会演示BWA，GATK的使用方法及重要文件格式的解读。

具体分为四个系列课程：

1. 重测序与SLAF简化技术介绍。内容包括全基因组重测序技术原理，Hiseq测序技术流程，重测序应用范围，SLAF技术原理，技术流程，技术特点，技术应用领域等。

2. 比对_SNP calling与SLAF标记开发。内容包括序列比对，变异检测和SLAF标记开发的原理，方法等。

3. SAM文件与序列比对软件实操_合并。内容包括全局比对，局部比对，短序列比对的原理，应用场景及操作命令等，短序列比对结果文件的解读，实操演示。

4. VCF文件与SNP calling软件实操_合并。内容包括SNP calling流程讲解，VCF文件格式与具体内容讲解，GATK软件流程讲解及实操演示。

第二部分介绍了遗传图谱的构建原理，并详细介绍了遗传图谱的构建步骤。同时，本课程优选了几款常用的构图以及QTL定位软件：JOINMAP，QTLmap，winQTLcart软件，详细介绍了软件的使用方法及其输入输出格式。

具体分为六个系列课程：

1. 遗传图谱与连锁简介。内容包括遗传图谱的概念和应用，常见分子标记类型，重组率的计算，遗传图谱的基本特性。

2. 群体类型构建与样本选择。内容包括遗传群体类型讲解，样本选择的原则。

3. 图谱构建步骤与原理。内容包括构建遗传图谱的生物信息学步骤，Highmap简介。

4. 遗传图谱构建软件Joinmap实操。内容包括Joinmap的实操演示。

5. QTL定位软件mapQTL实操。内容包括mapQTL的实操演示。

6. QTL定位软件winQTLcart实操。内容包括winQTLcart的实操演示