全基因组关联分析（GWAS）是对具有遗传多样性丰富的群体中每个个体进行全基因组重测序。结合目标性状的表型数据，基于一定的统计方法进行全基因组关联分析，可以获得影响目标性状表性变异的染色体区段或基因位点。

GWAS研究的应用领域

GWAS可以用于遗传进化，功能基因定位，多组学联合分析等研究，近年来在nature, nature genetics，nature biotechnology等杂志上发表了多篇高水平论文，涉及棉花，水稻，大豆等多个物种。

本课程分为十个系列课程

1. GWAS项目方案设计。

内容包括全基因组关联分析简介，材料选择与群体设计，表型调查，标记开发与分型策略的选择，结合GWAS的高分文章策略。

2. GWAS基本分析内容与结果解读。

标准分析内容包括数据指控，LD衰减分析，群体结构评估，全基因组关联分析，显著位点的筛选，单体型block分析，候选基因的确定于注释。另外还有百迈客云数据深度挖掘的讲解。

3. GWAS分析原理-群体结构与亲缘关系。

内容包括群体结构及其对GWAS的影响，群体结构的推断方式，亲缘关系及其对GWAS的影响，亲缘关系的计算方法。

4. 重测序与简化基因组测序技术原理。

内容包括全基因组重测序技术原理，Hiseq测序技术流程，重测序应用范围，SLAF技术原理，技术流程，技术特点，技术应用领域等。

5. 序列比对、SNPCalling与SLAF标记开发。

内容包括序列比对，变异检测和SLAF标记开发的原理，方法等。

6. 序列比对软件实操与SAM文件格式讲解。

内容包括全局比对，局部比对，短序列比对的原理，应用场景及操作命令等，短序列比对结果文件的解读，实操演示。

7. SNPCalling软件实操与VCF文件格式讲解。

内容包括SNP calling流程讲解，VCF文件格式与具体内容讲解，GATK软件流程讲解及实操演示。

8. 常用GWAS统计学方法和模型简介。

内容包括基本统计学概念，case/control关联分析，复杂性状使用简单统计方式是否可行的探讨，复杂统计模型简介。

9. 上机操作：群体结构与亲缘关系分析。

内容包括使用TASSEL软件进行基因型填补介绍，STRUCTURE和ADMIXTURE的使用方法介绍，STRUCTURE和ADMIXTURE的结果整理，使用TASSEL进行PCA和kinship的计算等相关介绍和实操演示。

10. 上机操作：GWAS常见软件与模型实操（GLM/MLM/CMLM/EMMAX/Fast-LMM）。

内容包括使用TASSEL进行关联分析，GAPIT关联分析命令行，EMMAX与FAST-LMM命令行，使用CMplot对结果进行绘图等相关介绍和实操演示。