亲缘关系计算方法：系谱法

标记基因型欧式算法

计算软件：SPAGeDi

一次接受量2000到4000

群体结构来源： 地理隔离／人工选择

群体结构分析： 1.系统发生数

进化树上色与调整软件： http://itol.embl.de

NJ树：(mega) 适用于样本间差异不大的样品；种间

ML树（RAxML）：纲水平

贝叶斯树（ExaBayes）：

2. model-base 的群体结构分析／STRUCTURE／ADMIXTURE（标记要根据LD进行过滤，去冗余）

 分析原理：将大群体分成K个服从Hardy-Weinberger 平衡的亚群，将个材料归到每个亚群，计算第i个材料其基因组变异源于第K个亚群的可能性，用Q值表示，Q越大，表示该材料来自这个亚群的可能性越大。

STRUCTURE／贝叶斯／德尔塔K／最高点

ADMIXTURE／更快，C ross-V alidation error最低的点位最优点

Q矩阵／群体结构矩阵，作为固定效应／

CLUMPP／clumpak合并多次Q矩阵综合结果

pophelper／群体结构条形图

PCA分析／uncorrelated/Var(PC1)>Var(PC2)